Dnia 15 grudnia 1984 r. ks. biskup Marian Przykucki z Pelplina powierzył wikariuszowi Parafii Chrystusa Miłosiernego w Gdyni - Redłowie, ks. Wojciechowi Kozłowskiemu, kontynuację wstępnie już rozpoczętych przez Kurię Biskupią Chełmińską starań o powstanie nowej parafii u zbiegu ulic Kartuskiej i Chylońskiej w Gdyni Chyloni.

Parafia powstała poprzez wydzielenie terenu z obrzeży trzech już istniejących sąsiednich parafii: Św. Mikołaja w Chyloni; Matki Boskiej Różańcowej w Demptowie oraz Przemienienia Pańskiego w Cisowej.

W 1985 r. otrzymano przedłużenie informacji o terenie, która pozwalała czynić starania o nabycie gruntów pod obiekty sakralne nowej parafii. Grunty te były własnością prywatną i należało je wykupić, co uczyniła Kuria Biskupia Chełmińska w Pelplinie. Następnie zajęto się przygotowaniem terenu oraz kompletowaniem dokumentacji dotyczącej architektury mających powstać obiektów sakralnych.

W październiku 1985 r. z zakupionego drzewa stolarze parafialni zrobili krzyż, który postawiono na placu budowy 7 listopada 1985 r. W święto św. Andrzeja Apostoła, 30 listopada 1985 r. przyjechał po raz pierwszy do nowopowstającej parafii ks. biskup Marian Przykucki, który przy ołtarzu polowym odprawił uroczysta Mszę św. i dokonał poświęcenia krzyża oraz placu pod budowę obiektów sakralnych: kaplicy tymczasowej, domu parafialnego i kościoła. 15 marca 1986 r. ks. biskup Marian Przykucki dekretem erekcyjnym ustanowił nową parafię pod wezwaniem św. Jana Chrzciciela i św. Alberta Chmielowskiego. Pierwsze Msze św. i nabożeństwa odprawiały się w kościele parafialnym pw. Przemienienia Pańskiego w Gdyni Cisowej.

3 maja 1986 r. została odprawiona przez ks. proboszcza pierwsza Msza św. przy ołtarzu polowym na terenie budowy i odtąd w każdą niedzielę odprawiano trzy Msze św. przy tym ołtarzu, a w dni powszednie w dalszym ciągu w kościele Cisowskim. Do budowy tymczasowej kaplicy parafialnej przystąpiono po świętach wielkanocnych w kwietniu 1986 r., a ukończono w sierpniu. Zaś 29 sierpnia 1986 r. ks. biskup Marian Przykucki dokonał poświęcenia kaplicy. Od czasu poświęcenia kaplicy, w niej odbywało się już normalne życie parafialne i duszpasterskie. Od l lipca 1986 r. do parafii przybył nowy wikariusz ks. Bogdan Nowicki, neoprezbiter, a odmarca 1987 r. jeszcze jeden ksiądz wikariusz, neoprezbiter ks. Wiesław Drążek.

Następnym etapem tworzenia nowej wspólnoty parafialnej, była budowa domu parafialnego. Jego budowę rozpoczęto w 1987 r., a zakończono w 1991 r. W dzień odpustu parafialnego, 24 czerwca 1991 r., ks. biskup Marian Przykucki dokonał poświęcenia domu parafialnego. Prace nad projektem kościoła parafialnego trwały od 1987 r.. Do realizacji wybrano projekt inż. architekta Antoniego Wolań skiego z Gdyni. Kierownikiem budowy została inż. Anna Węcławska - Petrow, która do dnia dzisiejszego kieruje pracami budowlanymi.

W 1992 r. otrzymano pozwolenie na budowę kościoła i przystąpiono niezwłocznie do realizacji projektu. W dzień odpustu parafialnego, 24 czerwca 1994 r., ks. biskup Zygmunt Pawłowicz dokonał poświęcenia i wmurowania kamienia węgielnego, który został przywieziony przez ks. kanonika Stanisława Dułaka z Ziemi Świętej. Kamień węgielny pochodzi z Jordanu, z miejsca gdzie chrzcił św. Jan Chrzciciel. Aż do 1999 r. w murach kościoła odbywały się jedynie okazjonalne Msze św. (jak np. pasterki). W dniach od 6 do 14 listopada 1999 r. w naszej parafii przeżywano pierwsze w historii Parafii Misje Święte. Prowadzili je ojcowie redemptoryści z Warszawy - O. Antoni Paździorko i O. Zbigniew Majewski. W programie Misji były nauki stanowe dla kobiet, mężczyzn, młodzieży oraz codzienne Msze św. dla dzieci. Ojcowie redemptoryści do dzisiaj są częstymi gośćmi naszej parafii.

W niedzielę 14 listopada 1999 r. ks. arcybiskup Tadeusz Gocłowski dokonał poświęcenia kościoła. Uroczystość ta poprzedzona była Misjami św. a zakończona Mszą Św. dziękczynną ks. proboszcza za 25 lat posługi kapłańskiej. Na zakończenie uroczystości ks. arcybiskup zamianował ks. Wojciecha Kozłowskiego, kanonikiem honorowym Kapituły Katedralnej w Gdańsku Oliwie. W 2000 r. przeniesiono na stałe odprawianie niedzielnych Mszy św., z tymczasowej kaplicy do kościoła. I choć budowa kościoła ciągle trwa, życie religijne w ramach wspólnoty naszej parafii rozwija się bardzo intensywnie.

W parafii naszej działa wiele wspólnot religijnych. Najpierw powstała grupa charytatywna, która uformowała się w celu niesienia pomocy biednym i potrzebującym. Następnie powołano do życia "Żywy Różaniec", który w ciągu kilku miesięcy ukształtował się w postaci 15 róż żeńskich, męskich i młodzieżowych. W 1985 r. powstała nowa wspólnota ewangelizacyjna "Jordan", która skupia wiernych z różnych parafii gdyńskich, gdańskich i okolicznych, którzy spotykają się na modlitwie uwielbienia i poddawani są formacji duchowej, by być przygotowanymi do głoszenia Dobrej Nowiny słowem i życiem w swoich środowiskach rodzinnych i w pracy.

W 1993 r. powstała wspólnota ewangelizacyjna Dzieje II, która szkoli ewangelizatorów świeckich i prowadzi stałą ewangelizację w parafii "od drzwi do drzwi" osiągając wspaniałe sukcesy duszpasterskie w postaci wielu nawróceń. Od 1997 roku Dzieje II są długoletnim programem duszpasterskim w ramach powstałego w tym roku Stowarzyszenia "WSPÓLNOTA NOWEGO PRZYMIERZA". Autorką Dzieje II oraz Statutem Stowarzyszenia jest Siostra Angeline Bukowiecki z Denver (USA), która każdego roku przyjeżdża ze Stanów Zjednoczonych by szkolić i troszczyć się o właściwy przebieg procesu DZIEJE II i działalność Stowarzyszenia. Swoją siedzibę ma w domu parafialnym Towarzystwo Śpiewacze Chór Męski "Dzwon Kaszubski", który jest jednocześnie chórem parafialnym. W parafii organizowane są spotkania oazowe dla dzieci i młodzieży, formujące ich postawę chrześcijańską i dopełniające katechezę szkolną.